挤奶过程中，难免混入奶里羊毛、杂草、粪末、皮屑和灰尘等杂物，其中带有大量的细菌，可使奶很快变质。因此，挤奶时和分装时，应进行二至三次滤过一般可在奶桶上放置一个过滤筒，上面铺垫两层医用纱布或三至四层尼龙窗纱。挤出的奶，通过过滤筒进入奶桶，进行第一次滤过。
过滤筒可根据奶桶口径大小，做一个圆形筛筒，深20厘米，筒的底部和半腰周围打眼，筒口有向外的伞沿，挤奶时将铺垫好纱布的过滤筒装在奶桶上即可。挤完一只羊后，奶水往大桶倒时，应进行第二次滤过。这样经过现场的两次滤过，奶中的一般杂质就可除去。但特别细小的杂质和细菌仍然会存在，所以在送到加工厂进行加工或用户饮用前，应当再进行滤过和消毒。
奶是食品，凡是能引起变质、变味或有害于人体健康的消毒药物或消毒方法都不能使用。目前常用的鲜奶消毒方法是加温消毒杀菌法。根据奶的用途，可选用下列方法:①低温消毒杀菌法:将奶加温到6265℃，保持三十分钟。此法不仅可以杀灭全部致病菌，而且不会引起奶中成分的显著变化，除微量的乳蛋白沉淀和少量磷酸钙分解外，只有淀粉酶及部分维生素C被破坏。在加温中，奶中二氧化碳挥发，酸度略有下降。使用此方法消毒的奶，能保鲜五个小时，可供一般饮用。
②中温消毒杀菌法:将奶加温到70-72℃，分别保持二十分钟和十五分钟。此法可将用低温消毒杀菌法不易杀死的耐热菌、嗜热菌和孢子等杀死。食用更安全。制作炼乳多用此法消毒杀菌。
③高温消毒杀菌法:将奶加温到72-75℃，保持十五至十六分钟，或加温到80—85℃瞬间即可，制做奶粉、奶油常用此法。
④煮沸消毒杀菌法:用锅将奶加温煮开即可。此法多为自养奶山羊挤奶供食用时所采用。般把煮开的奶再加入百分之八左右的白糖，充分搅拌溶解，候温饮用。全此外，目前有些国家利用紫外线、超声波等对奶进行消毒杀菌。